- a -

• avoidInitialization() : com.uem.gsi.cleim.test.TestAnnotations

- c -

• CallFBDis() : com.uem.gsi.cleim.scl.CallFBDis
• CallFBSym() : com.uem.gsi.cleim.scl.CallFBSym
• CallFBToFile() : com.uem.gsi.cleim.rpd.CallFBToFile
• CallFBTre() : com.uem.gsi.cleim.scl.CallFBTre
• CallNCBO() : com.uem.gsi.cleim.nlp.CallNCBO
• CallPMSoap() : com.uem.gsi.cleim.scl.CallPMSoap
• compoundNCBOData() : com.uem.gsi.cleim.nlp.IntegrateAnnot
• Constants() : com.uem.gsi.cleim.util.Constants

- d -

• doGet() : com.uem.gsi.cleim.ali.NLPServ , com.uem.gsi.cleim.ali.XMLServ
• doMLPQuery() : com.uem.gsi.cleim.scl.CallMLP
• doPost() : com.uem.gsi.cleim.ali.NLPServ , com.uem.gsi.cleim.ali.XMLServ
• doQuery() : com.uem.gsi.cleim.scl.CallFBSym , com.uem.gsi.cleim.scl.CallFBTre , com.uem.gsi.cleim.scl.CallFBDis , com.uem.gsi.cleim.rpd.CallFBToFile
• doRawQuery() : com.uem.gsi.cleim.scl.CallFBSym , com.uem.gsi.cleim.scl.CallFBDis , com.uem.gsi.cleim.scl.CallFBTre
• doRESTQuery() : com.uem.gsi.cleim.nlp.CallNCBO

- g -

• GateGazMed() : com.uem.gsi.cleim.nlp.GateGazMed
• gateWithoutFormat() : com.uem.gsi.cleim.nlp.IntegrateAnnot
• getAbstractUrl() : com.uem.gsi.cleim.scl.CallPMSoap
• getAnnot() : com.uem.gsi.cleim.nlp.GateGazMed
• getAnnotFrom() : com.uem.gsi.cleim.nlp.GateGazMed
• getAnnotGroup() : com.uem.gsi.cleim.nlp.GateGazMed
• getAnnotLan() : com.uem.gsi.cleim.nlp.GateGazMed
• getAnnotSource() : com.uem.gsi.cleim.nlp.GateGazMed
• getAnnotTo() : com.uem.gsi.cleim.nlp.GateGazMed
• getAnnotUrl() : com.uem.gsi.cleim.nlp.GateGazMed
• getArticles() : com.uem.gsi.cleim.scl.CallFBDis , com.uem.gsi.cleim.scl.CallFBSym , com.uem.gsi.cleim.scl.CallFBTre
• getAuthors() : com.uem.gsi.cleim.scl.CallPMSoap
• getConcept() : com.uem.gsi.cleim.nlp.NCBOAnnot
• getConcepts() : com.uem.gsi.cleim.scl.CallFBDis , com.uem.gsi.cleim.scl.CallFBSym , com.uem.gsi.cleim.scl.CallFBTre
• getContextName() : com.uem.gsi.cleim.nlp.NCBOAnnot
• getCount() : com.uem.gsi.cleim.scl.CallFBDis , com.uem.gsi.cleim.scl.CallFBSym , com.uem.gsi.cleim.scl.CallFBTre , com.uem.gsi.cleim.scl.CallPMSoap , com.uem.gsi.cleim.scl.MLPSearch
• getDocument() : com.uem.gsi.cleim.util.MyDOMParser
• getFBUrls() : com.uem.gsi.cleim.scl.CallFBDis , com.uem.gsi.cleim.scl.CallFBSym , com.uem.gsi.cleim.scl.CallFBTre
• getFrom() : com.uem.gsi.cleim.nlp.NCBOAnnot
• getFullId() : com.uem.gsi.cleim.nlp.NCBOAnnot
• getFullSummary() : com.uem.gsi.cleim.scl.MLPSearch
• getGroup() : com.uem.gsi.cleim.nlp.NCBOAnnot
• getGroupName() : com.uem.gsi.cleim.scl.MLPSearch
• getIDLists() : com.uem.gsi.cleim.scl.CallFBDis , com.uem.gsi.cleim.scl.CallFBSym , com.uem.gsi.cleim.scl.CallFBTre
• getImages() : com.uem.gsi.cleim.scl.CallFBDis , com.uem.gsi.cleim.scl.CallFBTre , com.uem.gsi.cleim.scl.CallFBSym
• getIsDirect() : com.uem.gsi.cleim.nlp.NCBOAnnot
• getLocalOntologyId() : com.uem.gsi.cleim.nlp.NCBOAnnot
• getMesh() : com.uem.gsi.cleim.scl.MLPSearch
• getMinor() : com.uem.gsi.cleim.nlp.GateGazMed
• getNormalizedXml() : com.uem.gsi.cleim.nlp.IntegrateAnnot
• getOrganizationName() : com.uem.gsi.cleim.scl.MLPSearch
• getPreferredName() : com.uem.gsi.cleim.nlp.NCBOAnnot
• getPubDates() : com.uem.gsi.cleim.scl.CallPMSoap
• getRank() : com.uem.gsi.cleim.scl.MLPSearch
• getRisks() : com.uem.gsi.cleim.scl.CallFBDis
• getSideEf() : com.uem.gsi.cleim.scl.CallFBTre
• getSideEfs() : com.uem.gsi.cleim.scl.CallFBSym
• getSnippet() : com.uem.gsi.cleim.scl.MLPSearch
• getSympOfs() : com.uem.gsi.cleim.scl.CallFBSym
• getSymptoms() : com.uem.gsi.cleim.scl.CallFBDis
• getTitles() : com.uem.gsi.cleim.scl.CallPMSoap , com.uem.gsi.cleim.scl.MLPSearch
• getTo() : com.uem.gsi.cleim.nlp.NCBOAnnot
• getTotalPages() : com.uem.gsi.cleim.scl.CallFBSym , com.uem.gsi.cleim.scl.CallPMSoap , com.uem.gsi.cleim.scl.CallFBDis , com.uem.gsi.cleim.scl.CallFBTre
• getTreatments() : com.uem.gsi.cleim.scl.CallFBDis
• getUrl() : com.uem.gsi.cleim.scl.MLPSearch
• getUrlSp() : com.uem.gsi.cleim.scl.MLPSearch
• getUsedTo() : com.uem.gsi.cleim.scl.CallFBTre
• getXmlGate() : com.uem.gsi.cleim.nlp.GateGazMed

- h -

• htmlGateTree() : com.uem.gsi.cleim.nlp.IntegrateAnnot
• htmlNCBOTree() : com.uem.gsi.cleim.nlp.IntegrateAnnot

- i -

• init() : com.uem.gsi.cleim.ali.NLPServ , com.uem.gsi.cleim.ali.XMLServ
• initGate() : com.uem.gsi.cleim.nlp.GateGazMed
• initIntegrateAnnot() : com.uem.gsi.cleim.test.TestAnnotations
• initXmlDocument() : com.uem.gsi.cleim.nlp.IntegrateAnnot
• insertHtmlItem() : com.uem.gsi.cleim.nlp.IntegrateAnnot
• insertXmlItem() : com.uem.gsi.cleim.nlp.IntegrateAnnot
• IntegrateAnnot() : com.uem.gsi.cleim.nlp.IntegrateAnnot

- l -

• loadListFile() : com.uem.gsi.cleim.rpd.CallFBToFile
• loadListFileLan() : com.uem.gsi.cleim.rpd.MLPXMLToFile
• loadResults() : com.uem.gsi.cleim.rpd.CallFBToFile

- m -

• main() : com.uem.gsi.cleim.nlp.CallNCBO , com.uem.gsi.cleim.nlp.GateGazMed , com.uem.gsi.cleim.rpd.CallFBToFile , com.uem.gsi.cleim.scl.CallFBSym , com.uem.gsi.cleim.test.TestAnnotations , com.uem.gsi.cleim.scl.CallPMSoap , com.uem.gsi.cleim.scl.CallMLP , com.uem.gsi.cleim.scl.CallFBTre , com.uem.gsi.cleim.rpd.MLPXMLToFile , com.uem.gsi.cleim.scl.CallFBDis , com.uem.gsi.cleim.rpd.SNOMEDToFile , com.uem.gsi.cleim.nlp.NCBOAnnot
• MLPSearch() : com.uem.gsi.cleim.scl.MLPSearch
• MLPXMLToFile() : com.uem.gsi.cleim.rpd.MLPXMLToFile
• MyDOMParser() : com.uem.gsi.cleim.util.MyDOMParser

- n -

• NCBOAnnot() : com.uem.gsi.cleim.nlp.NCBOAnnot
• ncboWithoutFormat() : com.uem.gsi.cleim.nlp.IntegrateAnnot
• NLPServ() : com.uem.gsi.cleim.ali.NLPServ

- q -

• queryFB() : com.uem.gsi.cleim.scl.CallFBDis , com.uem.gsi.cleim.scl.CallFBSym , com.uem.gsi.cleim.scl.CallFBTre
• queryFBDetail() : com.uem.gsi.cleim.scl.CallFBDis , com.uem.gsi.cleim.scl.CallFBSym , com.uem.gsi.cleim.scl.CallFBTre
• queryFBDisease() : com.uem.gsi.cleim.rpd.CallFBToFile
• queryFBSymptom() : com.uem.gsi.cleim.rpd.CallFBToFile
• queryFBTreatment() : com.uem.gsi.cleim.rpd.CallFBToFile
• queryPMID() : com.uem.gsi.cleim.scl.CallPMSoap
• queryPMInit() : com.uem.gsi.cleim.scl.CallPMSoap

- r -

• remRepeated() : com.uem.gsi.cleim.nlp.IntegrateAnnot
• replacePattern() : com.uem.gsi.cleim.rpd.SNOMEDToFile
• runGazetteer() : com.uem.gsi.cleim.nlp.GateGazMed
• runMPLSearch() : com.uem.gsi.cleim.scl.MLPSearch
• runNCBOAnnot() : com.uem.gsi.cleim.nlp.NCBOAnnot

- s -

• saveDefFile() : com.uem.gsi.cleim.util.ReplaceDefFile
• setFilterNumber() : com.uem.gsi.cleim.nlp.CallNCBO
• setFormat() : com.uem.gsi.cleim.nlp.CallNCBO
• setLan() : com.uem.gsi.cleim.scl.CallPMSoap
• setLanSpa() : com.uem.gsi.cleim.scl.CallPMSoap
• setLev() : com.uem.gsi.cleim.test.TestAnnotations
• setLevelMax() : com.uem.gsi.cleim.nlp.CallNCBO
• setLimit() : com.uem.gsi.cleim.scl.CallPMSoap
• setLocalLan() : com.uem.gsi.cleim.test.TestAnnotations
• setLocalSrc() : com.uem.gsi.cleim.test.TestAnnotations
• setLogic() : com.uem.gsi.cleim.scl.CallMLP , com.uem.gsi.cleim.scl.CallPMSoap
• setLongestOnly() : com.uem.gsi.cleim.nlp.CallNCBO
• setMappingTypes() : com.uem.gsi.cleim.nlp.CallNCBO
• setOntInRes() : com.uem.gsi.cleim.nlp.CallNCBO
• setOntologiesToExpand() : com.uem.gsi.cleim.nlp.CallNCBO
• setOnts() : com.uem.gsi.cleim.test.TestAnnotations
• setPage() : com.uem.gsi.cleim.scl.CallFBSym , com.uem.gsi.cleim.scl.CallFBDis , com.uem.gsi.cleim.scl.CallFBTre , com.uem.gsi.cleim.scl.CallPMSoap
• setRetmax() : com.uem.gsi.cleim.scl.CallMLP
• setRetstart() : com.uem.gsi.cleim.scl.CallMLP
• setScored() : com.uem.gsi.cleim.nlp.CallNCBO
• setSemanticTypes() : com.uem.gsi.cleim.nlp.CallNCBO
• setStopWords() : com.uem.gsi.cleim.nlp.CallNCBO
• setTerm() : com.uem.gsi.cleim.scl.CallMLP , com.uem.gsi.cleim.scl.CallPMSoap
• setText() : com.uem.gsi.cleim.test.TestAnnotations , com.uem.gsi.cleim.nlp.CallNCBO
• setWholeWordOnly() : com.uem.gsi.cleim.nlp.CallNCBO
• setWithDefaultStopWords() : com.uem.gsi.cleim.nlp.CallNCBO
• setWithSynonyms() : com.uem.gsi.cleim.nlp.CallNCBO

- t -

• takeTime() : com.uem.gsi.cleim.test.TestAnnotations
• TestAnnotations() : com.uem.gsi.cleim.test.TestAnnotations
• testGate() : com.uem.gsi.cleim.test.TestAnnotations
• testHTTPGATE() : com.uem.gsi.cleim.test.TestAnnotations
• testOba() : com.uem.gsi.cleim.test.TestAnnotations

- x -

• xmlGateTree() : com.uem.gsi.cleim.nlp.IntegrateAnnot
• xmlNCBOTree() : com.uem.gsi.cleim.nlp.IntegrateAnnot
• XMLServ() : com.uem.gsi.cleim.ali.XMLServ
• xmlToList() : com.uem.gsi.cleim.rpd.MLPXMLToFile